فیلترشکن‌ و وی‌پی‌ان‌ها در حالی سد فیلترینگ را قابل نفوذ می‌کنند که در مقابل، مخاطرات مسائل امنیتی فراگیر شدن این اپلیکیشن‌ها، مشکل‌ساز بوده و کاربران برای استفاده از سایت‌های فیلترشده، بدون آگاهی کافی، در واقع به دانلود و نصب اپلیکیشن‌ها اقدام می‌کنند؛ مسأله‌ای که اخیرا مسؤولان به آن اشاره و دستوراتی را برای رسیدگی جدی به آن صادر کرده‌اند.