«ضرورت تحول در حوزه علمیه» از کلیدی ترین و البته از پرشمارترین مطالبات رهبر معظم انقلاب در قریب به ۴ دهه اخیر از این نهاد دینی بوده است. باور و تاکید بر تحول در حوزه علمیه و ضرورت بازنگری در روش ها (نه اصول و مبانی) و پاسخ به اقتضائات زمانه در نگاه و اصول معطوف به حکمرانی در اندیشه مقام معظم رهبری از سال ۱۳۶۴ پررنگ‎تر مشاهده می شود.